担当するのは学長選考会議です（2007年度のメンバーは下記）。その手続を律するのは、学長選考会議規則と、国立大学法人山形大学学長選考等規則。
※国立大学法人法第16条第1項は役員の欠格条項について、次のように定めている。
候補者の得票数については、今年4月の選考会議で規則を改正し、非公開とすることを承認。その後、医学部を除く5学部から規則改正の取り消しを求める意見書が提出されたこともあり、6月の選考会議で協議したが、再び非公開とすることを確認した。
しかし、その後も理学部や人文学部、農学部から意見書が提出されるなどしたため、仙道学長が「手続き上の問題で混乱するよりも、次期学長を円滑に選考することに重点を置くべきだ」とし、坪井議長に移行措置として得票数を公開することを提案。選考委員に郵送で意見を求めた結果、賛成多数だった。同大は「選考規則については、新学長就任後に他大学の例や学内の意見も参考にしながら、再度検討していきたい」としている。
・山形新聞朝刊は一面下の記事「山形大の学長選考公示／候補者４人」掲載。公表問題についての部分は下記の通り。
2007年09月03日（月曜日）新学長の結城章夫氏が山形大学で記者会見
2005年04月01日（金曜日）・学長選考会議
←また、『山形新聞』朝刊2005.5.4付け記事「山形大の次期学長選出、選挙から選考へ
-- 16日に公示」に次のようにある。サイズ拡大は引用者による。（同紙の過去記事検索ページ）